Balyoz darbe planı davasının bir numaralı sanığı emekli Org. Çetin Doğan, avukatı aracılığıyla 'işkence, kötü muamele, uzun tutukluluk süresi ve yasa dışı tutuklama iddialarıyla' davayı AİHM'ye taşımıştı. Ancak başvuruyu değerlendiren AİHM, Doğan'ın beklentisinin aksi yönde bir karara imza attı. Mahkeme, Mayıs 2012'de verdiği ara kararında delillerin 'somut ve meşru' olduğunu belirterek, Doğan'ın tutukluluğunun yasal olduğunu kaydetti. Karar metninde şöyle denildi: "Sanığın, hükümeti askerî darbe yoluyla devirmeyi planlayan Balyoz isimli suç örgütünün lideri olduğu şüphesiyle özgürlüğünden mahrum bırakıldığı tespit edilmiştir." AİHM, Doğan'ın işkence, kötü muamele, uzun tutukluluk süresi ve yasa dışı tutuklama iddialarıyla yaptığı şikayetleri de mesnetsiz bularak reddetti. Doğan'a atfedilen suç iddialarıyla ilgili 2 bin 229 sayfa belge, 19 CD ve 10 kasetin delil olarak yer aldığına dikkat çeken AİHM, davacının cezai suç işlediği şüphesiyle tutuklanması için makul gerekçelerin bulunduğunu vurguladı. Kararda, Doğan'ın delillerin manipüle edildiği yönündeki iddiası da reddedilerek, Balyoz davasına bakan mahkemenin Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'ne aykırı hareket etmediği ifade edildi.