1-3 Ağustos 2012’deki Yüksek Askeri Şûra (YAŞ) toplantısında Donanma Komutanlığı Kurmay Başkanlığı’na atanan Tümamiral Kemalettin Gür istifa etti. Gür'ün YAŞ'ın hemen ardından istifa ettiği ortaya çıktı.
15 Ağustos günü istifa dilekçesini Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’na sunan Gür’ün istifasına Balyoz davası kapsamında tutuklanan çok sayıda deniz subayının emekli edilmesinin etkin olduğu iddia edilmişti. Yetkililer, YAŞ’ta tuğamirallikten tümamiralliğe yükselen Gür’ün Balyoz Davası kararları nedeniyle istifa ettiğinin doğru olmadığını öne sürerek, istifanın kararlar açıklanmadan çok önce, YAŞ’ın hemen ardından gerçekleştiğini söylediler.
İddiaları yalanlayan Gür, bir internet sitesine yaptığı açıklamada, “Eşimin işi ve oğlumun okulu Ankara’da. Donanma’daki görevim nedeniyle 2 sene Gölcük’te ayrı yaşamak zorunda kalacaktım. Konu tamamen kişisel karardır. 16-17 senedir denizlerde dolaştım ve aileme yeteri kadar zaman ayıramadım. Çok yorgunum. Kararı aile meclisinde beraber aldık. Komutanlarımız da uygun buldu” dedi.
Gür’ün mevcut terfi silsilesine göre 2015’te koramiralliğe, 2019’da oramiralliğe yükselmesine, 2021’de ise Deniz Kuvvetleri Komutanlığı’na gelebileceği belirtildi.