Bu protokol hükümlerine göre Milli Savunma Bakanlığı'na (MSB) ait olan bazı binaların yapımı, bakım ve onarımı İBB tarafından yapılacaktı. Bunun karşılığında Beyoğlu'nda Hazine'ye ait MSB'ye tahsis edilmiş 292 bin 460 metrekarelik arazi ve üzerindeki tesisler İBB'ye devredilecekti. Arazi üzerinde, Kuzey Deniz Saha Komutanlığı Karargah Binası, subay orduevi, basımevi, dikimevi ve Deniz İkmal Grup Komutanlığı tarafından kullanılan tesisler bulunuyordu.

Söz konusu arazi, Rixos Otelleri'nin sahibi Fettah Tamince'nin üstlendiği 3 otel, 2 yat limanı ve iskelelerden oluşan Haliçport projesi sınırları içinde kalıyordu. Karargah binası Osmanlı döneminin ilk modern kışlası olan Kalyoncu Kışlası'ydı. Cezayirli Gazi Hasan Paşa Kışlası olarak da bilinen tarihi binanın restore edilmek üzere yıkılması büyük tartışma yaratmıştı. Sayıştay, bu tartışmalı tarihi binayı da kapsayan protokol ile ilgili bir dizi usulsüzlük tespit etti.

Sayıştay raporunda, MSB ve İBB arasındaki protokole rağmen arazinin Milli Emlak Genel Müdürlüğü tarafından İBB'ye değil Ulaştırma Denizcilik ve Haberleşme Bakanlığı adına tahsis edildiği belirtildi. 2013 yılı birim fiyatları ile İBB tarafından protokol konusu yapım, bakım ve onarımlar için toplam 209 milyon 295 bin 988 TL ödeme yapıldığı ancak bu ödeme karşılığında, İBB'ye herhangi bir taşınmaz devrinde bulunulmadığı vurgulandı.
İBB, Sayıştay'a “Protokole dayalı alacaklarımızın tahsili için gerekli çalışmalar devam etmektedir” yanıtını verdi.