4 yıl Genelkurmay Başkanlığı yapan Emekli Orgeneral İsmail Hakkı Karadayı, Ergenekon sürecinde gündeme gelen Encümen-i Daniş üyeliği yapıyordu. 22 Ocak 2009 günü Moda Deniz Kulübü'nde yapılan Encümen-i Daniş toplantısının çıkışında emekli Orgeneral Karadayı ile yine Encümen-i Daniş üyesi eski Genelkurmay Başkanı Hüseyin Kıvrıkoğlu'nun birlikte görüldüğü fotoğraf tartışma konusu olmuştu. Karadayı ve Kıvrıkoğlu'nun, elleri ceketlerinin içine doğru sokulmuş biçimde objektiflere yansımıştı. Masonik bir işaret olduğu bilinen bu durum, iki emekli paşanın, Ergenekon operasyonları nedeniyle "bize sahip çıkın" mesajı olarak yorumlanmıştı.